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DE FILIPPO CARLOTTA

ultima modifica 11/02/2016 11:08

Carlotta De Filippo, PhD

Nata a Firenze il 9 settembre 1968

2003- Dottore di Ricerca in Farmacologia e Tossicologia presso l’Università degli Studi di Firenze

1995- Laurea in Scienze Biologiche presso l’Università degli Studi di Firenze

 

Email c.de.filippo@ibimet.cnr.it

Tel. +39 055 3033711+39 055 3033711

Tel. Laboratorio  +39 055 275322+39 055 275322

Fax. + 39 055 308910

Mobile +39 333 6657288+39 333 6657288

 

Esperienze Professionali

  • 2011-2015: Ricercatore a Tempo Determinato presso la Fondazione Edmund Mach, Settore Nutrizione e Nutrigenomica, San Michele all’Adige (TN) (2011-2015).
  • 2006-2011: Ricercatore a Tempo Determinato presso il Dip. di Farmacologia Preclinica e Clinica, Università degli Studi di Firenze.
  • 2002-2003: Visiting Scientist presso il “Bauer Center for Genomics Research”, Harvard University (Cambridge, MA, USA).
  • 2002-2006: Assegnista di ricerca presso il Dipartimento di Farmacologia Preclinica e Clinica, Università degli Studi di Firenze.
  • 1999-2000: Visiting PhD student presso il “Departement of Cancer Cell Biology”, Harvard School of Public Health, Boston MA (USA)
  • 1999-2002: Dottoranda in Farmacologia e Tossicologia, Dip. Di Farmacologia Preclinica e Clinica, Università degli Studi di Firenze.
  • 1995-1999: Borsista presso il Dip. di Farmacologia Preclinica e Clinica, Università degli Studi di Firenze.

Interessi scientifici

Analisi comunità microbiche complesse mediante Next Generation Sequencing (Metagenomica)

Processi di co-evoluzione ospite-microorganismi

Modelli animali per lo studio delle interazioni ambiente-microbiota

Interazioni microorganismi–sistema immunitario

Interazioni Dieta e Microbiota Intestinale

Le popolazioni rurali come modello di studio dell’evoluzione del microbiota nell’era della globalizzazione

 

Attività di insegnamento

  • Microbiologia generale (Corso di Laurea in Biotecnologie, Università degli Studi di Firenze, 2009-2010).
  • Farmacogenomica e Tossicogenomica (Corso di Laurea in Biotecnologie, Università degli Studi di Firenze, 2005-2011)
  • Master in Fitoterapia (Università degli Studi di Firenze, 2016)

 

 

Partecipazione a progetti di ricerca in qualità di Principal Investigator

  • Bando Ricerca Finalizzata e Giovani Ricercatori 2011-2012, Progetto: “Role of regulatory cells and cytokines in the extent of colonic involvement in patients with ulcerative colitis: implications for patient-oriented therapy”. Ente finanziatore: Ministero della Salute (2014-2017). Ruolo: responsabile scientifico di Unità Operativa.
  • Bando FISM 2013, Progetto "Role of MAIT cells in multiple sclerosis: how the gut flora influence autoimmune responses", Ente Finanziatore: Fondazione Italiana Sclerosi Multipla. (2014-2016) Ruolo: responsabile scientifico di Unità Operativa.
  • PRIMAGUT_Stress and gut microbiota: unlocking the mammalian gut-brain axis. FIRST 2012 call, Ente Finanziatore Fondazione E. Mach, S. Michele all’Adige (2012-2015). Ruolo: coordinatore.
  • Convenzione di Ricerca NEUROFARBA 2014, Progetto “Role of gut microbiota in Juvenile Idiopathic Arthritis”. Ente finanziatore: Dip. Neurofarba, Università degli Studi di Firenze (2014). Ruolo: coordinatore.
  • Metafoodlabs Grant, Ente finanziatore Provincia Autonoma di Trento (2012-2014). Ruolo: responsabile di Unità Operativa.
  • Grant per Giovani Ricercatori, Progetto: “DNA microarray technology to study polyphenols effects and mechanisms of action in yeast cells and in mammalian cells: an evolutionistic approach”, Ente Finanziatore: Ministero dell’Università e Ricerca (2001). Ruolo: coordinatore.

 

 

Pubblicazioni

E’ autrice di 39 articoli peer-reviewed su riviste internazionali e di 7 capitoli di libro.

Scopus Author ID: http://www.scopus.com/authid/detail.url?authorId=55964602400

ORCID ID:  http://orcid.org/0000-0002-2222-6524

Google scholar https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=1ckSBt4AAAAJ

 

Pubblicazioni ISI selezionate:

  1. Stefanini I, Albanese D, Cavazza A, Franciosi E, De Filippo C, Donati C, Cavalieri D. Dynamic changes in microbiota and mycobiota during spontaneous 'Vino Santo Trentino' fermentation. Microb Biotechnol. 2016 Jan 18. doi: 10.1111/1751-7915.12337. [Epub ahead of print]
  2. Barelli C, Albanese D, Donati C, Pindo M, Dallago C, Rovero F, Cavalieri D, Tuohy KM, Hauffe HC, De Filippo C. Habitat fragmentation is associated to gut microbiota diversity of an endangered primate: implications for conservation. Sci Rep. 2015 Oct 7;5:14862.
  3. Rivero D, Berná L, Stefanini I, Baruffini E, Bergerat A, Csikász-Nagy A, De Filippo C, Cavalieri D. Hsp12p and PAU genes are involved in ecological interactions between natural yeast strains. Environ Microbiol. 2015 Aug;17(8):3069-81.
  4. Albanese D, Fontana P, De Filippo C, Cavalieri D, Donati C. MICCA: a complete and accurate software for taxonomic profiling of metagenomic data. Sci Rep. 2015 May 19;5:9743.
  5. Albanese D, De Filippo C, Cavalieri D, Donati C. Explaining diversity in metagenomic datasets by  phylogenetic-based feature weighting. PLoS Comput Biol. 2015 Mar 27;11(3):e1004186.
  6. Rizzetto L, De Filippo C, Cavalieri D. Richness and diversity of mammalian fungal communities shape innate and adaptive immunity in health and disease. Eur J Immunol. 2014 Nov;44(11):3166-81.
  7. Rizzetto L, De Filippo C, Rivero D, Riccadonna S, Beltrame L, Cavalieri D. Systems biology of host-mycobiota interactions: dissecting Dectin-1 and Dectin-2 signalling in immune cells with DC-ATLAS. Immunobiology. 2013 Nov;218(11):1428-37.
  8. De Filippo C, Ramazzotti M, Fontana P, Cavalieri D. Bioinformatic approaches for functional annotation and pathway inference in metagenomics data. Brief Bioinform. 2012 Nov;13(6):696-710.
  9. De Filippo C and Lionetti P. Impact of Diet on Gut Microbiota in the Globalized World. Functional Food Reviews 2013, 5(01):13-22.
  10. Stefanini I, Dapporto L, Legras JL, Calabretta A, Di Paola M, De Filippo C et al., Role of social wasps in Saccharomyces cerevisiae ecology and evolution. (2012) Proc Natl Acad Sci USA 109 (33):13398-13403.
  11. De Filippo C et al. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proc Natl Acad Sci USA. 2010, 107(33):14691-6.
  12. De Filippo C et al.. Genomics approach to the analysis of bacterial communities dynamics in Hirschsprung's disease-associated enterocolitis: a pilot study. Pediatr Surg Int. 2010, 26(5):465-71.
  13. Dolara P, Luceri C, De Filippo C, Femia AP, Giovannelli L, Caderni G, Cecchini C, Silvi S, Orpianesi C and Cresci A. Red wine polyphenols influence carcinogenesis, intestinal microflora, oxidative damage and gene expression profiles of colonic mucosa in F344 rats. Mutation Res 2005, 591:237-246.
  14. Cavalieri D, De Filippo C. Bioinformatic methods for integrating whole-genome expression results into cellular networks. Drug Disc Today 2005, 10:727-734.
  15. Garosi P, De Filippo C et al. Defining best practise for microarray analyses in nutrigenomic studies. British J Nutr 2005, 93:425-432.
  16. Dolara P, Luceri C, De Filippo C. Gene expression profiling of colon mucosa of F344 rats treated with red wine polyphenols. Journal of Nutrition 2004 134 (12):536S-3536S.

Attività di referaggio internazionale

Molecular Ecology, Scientific Reports, PlosOne, BMC Microbiology, Journal of Food Sciences and Nutrition, Frontiers in Microbiology (section Microbial Symbioses).

Società Scientifiche:

Membro della SIMGBM - Società Italiana di Microbiologia Generale

Membro della SIBE – Società Italiana di Biologia Evoluzionistica

 

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